Raphael da Costa Cruz iniciou seus estudos em Engenharia Química pela Escola de Química da Universidade Federal do Rio de Janeiro no ano de 1996, tendo graduado-se em 2001. Iniciou seu mestrado em Físico-Química pelo Instituto de Química da Universidade Federal do Rio de Janeiro, sob orientação dos professores Márcio José Estillac de Mello Cardoso e Oswaldo Esteves Barcia, logrando grau de Mestre em Ciências, após defender, em 2003, a tese intitulada "Modelagem Termodinâmica do Comportamento Reológico de Soluções Poliméricas".